Làn sóng bạo lực và tội phạm đột ngột tăng chóng mặt ở thành phố New York. Những manh mối mà April O Neil (Judith Hoag lồng tiếng), phóng viên điều tra của kênh Eyewitness News, thu thập được cho thấy Foot Clan, một tổ chức xã hội đen của ninja, là nguồn cơn của tình trạng bạo lực tràn lan trong thành phố.
Chúng không sợ bất cứ thứ gì, trừ các anh chàng ninja rùa. Dưới sự chỉ huy của Shredder, tổ chức ninja này đã trở thành một đế chế tội phạm có sức mạnh khủng khiếp. Trên thực tế, Shredder đang ráo riết thành lập một đội quân gồm toàn ninja tài giỏi nhưng biến chất ở độ tuổi thiếu niên, hòng biến New York thành vương quốc riêng của hắn.
Khi mà lực lượng cảnh sát New York bó tay trước sự lộng hành của Foot Clan, người dân thành phố chỉ còn biết gửi gắm niềm hy vọng vào 4 ninja rùa đột biến gene, gồm Raphael, Michelangelo, Donatello và Leonardo. Một anh hùng thầm lặng khác là Casey Jones, cựu danh thủ bóng chày.
Vì quá tích cực trong quá trình điều tra nên April trở thành mục tiêu cần phải trừ khử của băng đảng Foot Clan. Tuy nhiên, nhờ có sự can thiệp kịp thời của Raphael mà cô thoát chết. Trong khi nhóm ninja rùa hộ tống nữ phóng viên về nhà, bọn Foot Clan tấn công đại bản doanh của họ và bắt sống sư phụ Splinter.
Ông chủ của April có một cậu con trai và, oái oăm thay, cậu ta lại là một thành viên trong đội quân ninja thiếu niên của Shredder. Nhờ có thông tin của thằng bé mà các võ sĩ của Foot Clan tìm thấy nhóm ninja rùa trong căn hộ của April. Một trận huyết chiến nổ ra và các chàng ninja rùa cùng April buộc phải bỏ chạy vì thua kém về số lượng dù đã nhận được sự trợ giúp của Casey Jones. Thậm chí Raphael còn bị thương nặng đến mức bất tỉnh.
Sau khi Raphael bình phục, nhóm ninja rùa luyện tập suốt ngày đêm để quay trở lại New York và cứu sư phụ Splinter. Những cuộc chiến giữa họ với đám thuộc hạ của Shredder diễn ra ở khắp nơi: dưới cống ngầm, trên đường phố và các tòa nhà cao tầng. Bị áp đảo về số lượng, những chàng ninja rùa làm thế nào để giành chiến thắng?