Một thập kỉ sau sự kiện trong phim X-Men: Cuộc chiến chống Apocalypse, nhóm X-Men đang theo đuổi những nhiệm vụ khó khăn hơn. Trong một lần trên vũ trụ, một cơn bão Măt Trời đe dọa tính mạng của cả nhóm, khiến Jean Grey phải sử dụng sức mạnh để cứu mọi người. Nhưng, đồng thời, nó cũng làm cho Jean giải phóng một sức mạnh đáng gờm, Phượng hoàng Bóng tối. Nhóm X-Men buộc phải đối đầu với đồng đội của mình và trong lúc đó, nữ hoàng ngoài hành tinh Lilandra Neramani muốn tìm ra và tiêu diệt cô ấy.