Calcutta (Ấn Độ), họ là đôi tình nhân người Mỹ, chàng trai tên Jason Bourne, cô gái là Marie. Jason có vấn đề ở não bộ, trí nhớ cái còn cái mất. Anh chỉ mang máng mình là một điệp viên CIA. Thỉnh thoảng những hình ảnh kinh hoàng lại hiện về trong trí óc nhưng Jason không thể hồi tưởng chi tiết cụ thể những gì đã diễn ra...

Trên đường phố đông đúc, phát hiện bị theo dõi, một khuôn mặt làm Jason gợi nhớ về dự án Treadstone mà anh từng tham gia. Linh cảm nguy hiểm cận kề, cặp trai gái khẩn trương tìm đường lẩn trốn. Tay sát thủ chuyên nghiệp đâu dễ buông tha con mồi, bằng một phát đạn, chiếc xe mục tiêu lộn xuống dòng sông. Marie vĩnh viễn từ giã cuộc đời, Jason thoát chết nhưng phải lặn biệt tăm. Nuốt nỗi đau vào lòng, tiêu hủy giấy tờ hình ảnh, bay về Châu Âu, anh muốn tìm sự thật...

Cùng thời điểm ấy tại Berlin. Nữ trưởng chi nhánh CIA ở Đức là Pamela Landy tổ chức một điệp vụ mua bán tin tức, hai nhân viên của bà bị sát hại, hàng triệu dollar mất trắng.

Tại hiện trường có dấu vân tay của "cựu điệp viên" Jason Bourne. Nghe phong thanh về dự án Treadstone, Pamela trở về Langley (tổng hành dinh CIA ở Mỹ) để thỉnh thị ý kiến cấp trên. Sếp cơ quan tình báo cho phép bà được tiếp cận hồ sơ tối mật để tìm hiểu về Jason.