Bộ phim lấy bối cảnh vào những năm cuối triều đại Edo (1603-1868), khi Shogun giữ được nền hòa bình cho đất nước trong nhiều năm trời. Điều này khiến Samurai ngày càng trở nên yếu thế và mất dần khả năng chiến đấu đỉnh cao khi xưa. Sự tàn ác, dã man của lãnh chúa Naritsugu đã làm người dân khốn khổ, căm hận. Được sự ủng hộ của một quan chức lâu năm trong triều, 13 võ sĩ Samurai lên kế hoạch ám sát Naritsugu.
 

Kết cấu của 13 Assassins được chia ra làm ba phần khá rõ rệt. Đầu phim, đạo diễn Takashi Miike chủ yếu tập trung vào nguyên nhân dẫn tới cuộc nổi dậy và giới thiệu 1 vài nhân vật chính. Giữa phim là cuộc đấu trí của hai vị thủ lĩnh Samurai. Màn cuối cùng là trận đánh đẫm máu tưởng chừng như không cân sức giữa 13 võ sĩ và hơn 200 cận vệ của Naritsugu. Một vòng vây được mở rộng ra cả ngôi làng, một cái bẫy khổng lồ được giăng ra, một trận mai phục có một không hai, một trận chiến vô tiền khoáng hậu.