Một trăm năm trước đây, Dahara Thành phố đã bị bao vây bởi một tai họa khủng khiếp đã mang về bởi một sức mạnh rất lớn. Thành phố được còn lại một người đàn ông bí ẩn và quyền lực
Hiện tại, Ash và bạn bè của mình đến thành phố Dahara, nơi họ gặp các Pokémon Hoopa cùng bạn đồng hành Mary. Tuy nhiên, khi anh trai của Mary Barza phát hiện ra trong sa mạc có nhiều Pokémon huyền thoại xuất hiện trong thành phố, cuộc chiến của thế kỷ trước khởi động lại, gây ra một trận đại hồng thủy buộc sự xuất hiện của các Pokémon huyền thoại.