Sau cả cuộc đời cống hiến cho tổ chức MIB, Kay cảm thấy mệt mỏi vì phải đương đầu với quá nhiều áp lực trong công việc đặc biệt mà anh đang đảm trách. Kay yêu cầu Jay xóa toàn bộ ký ức của mình và trở về cuộc sống bình thường làm một nhân viên bưu điện.

Nhưng cuộc sống không thể thanh bình trở lại, đặc biệt là khi cuộc chiến ngoài không gian giữa những thế lực thù địch và hành tinh Jarthan yên bình đã kết thúc trong biển máu và Zarthan đại bại. Sau khi chinh phục được Zarthan, những người ngoài trái đất ngông cuồng tiếp tục bước tiếp theo trong kế hoạch thôn tính vũ trụ của mình: chinh phục trái đất. Mục tiêu của họ là một loại ánh sáng mang sức mạnh siêu nhiên: ánh sáng Zarthan. Sở hữu ánh sáng này, người ngoài trái đất sẽ vươn tới mục tiêu của mình dễ dàng hơn bao giờ hết.

Toàn bộ trụ sở của MIB đã bị đông cứng và các điệp viên đang nằm chỏng cheo trong những chiếc bẫy nhện. Đến lúc này thì Jay không thể để Kay toại nguyện với mục đích... an dưỡng tuổi già của mình nữa. Mặc dù đã có chú chó điệp viên cực thông minh và tài lanh Frank, Jay vẫn rất cần một Kay lão làng kinh nghiệm năm nào. Anh lập tức kéo Kay lại với MIB và phục hồi lại phần ký ức bị đánh mất của Kay. Tuy nhiên, việc làm đó lại vô tình khiến Kay nhớ tới một phần hồi ức đau buồn mà anh phải trải qua trong cuộc chiến cho hành tinh Zarthan...