Năm 2415, 400 năm sau đại dịch tiêu diệt gần hết nhân loại. Nữ sát thủ Aeon Flux nhận nhiệm vụ ám sát độc tài Trevor Goodchild. Càng dấn thân vào nhiệm vụ, những thông tin mà Aeon tìm được càng khiến cô bối rối. Câu chuyện xảy ra trong 400 năm sau của tương lai.

Con người trải qua từ đời này đến đời khác, họ cứ thế sinh tồn mà không biết rằng trong cái thế giới đen tối mà họ đang ở bị sự thống trị của Bregana. Nữ nhân vật chính của phim là Aeon Flux, một nữ chiến sĩ có siêu năng lực. Aeon Flux được giao nhiệm vụ tiêu diệt những kẻ cầm quyền thống trị, và đồng thời cô đã khám phá ra một bí mật của thế giới.