Cha mẹ Peter biến mất bí ấn và để cậu cho cô chú nuôi nấng. Sự tò mò về thân phận của bản thân lẫn những điều chưa biết về cha mẹ luôn thôi thúc cậu.

Peter tìm thấy tập tài liệu mà cha để lại. Từ đây, những manh mối dẫn cậu tới tập đoàn Oscorp và người cộng sự của ông. Một tai nạn tại Oscorp khiến Peter có những siêu năng lực của loài nhện, Người nhện xuất hiện bí ẩn trong lòng New York.

Cùng lúc, giáo sư Curt Connors cũng tìm cách "hấp thu" những năng lực của loài bò sát để cải biến cơ thể. Nhưng ông không biết năng lực này cũng có thể quay lại chiếm hữu mình.

Phim đánh dấu sự trở lại của Người nhện với diện mạo và câu chuyện hoàn toàn mới so với 3 phần phim đã công chiếu. Các nhà làm phim cũng "đổi bạn gái" cho Người nhện, thay nhân vật Gwen Stacy cho Mary-Jane!